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崇祯四年，孙承宗修筑大凌河城，秦翼明领一万人进行保护，修成后率兵回。
崇祯七年，流贼打下河南，朝廷任命秦翼明为总兵官，让他率领军队前去讨伐。
次年，总兵邓王己死后，因为他的部下都是四川人，朝廷就下令让秦翼明率领他们，在青崖河、吴家堰、袁家坪连连打败贼兵，扼住了贼兵通往郧西的道路。
但秦翼明的性情慌张、胆子不大，部下的将领连连失败，他却不如实向上汇报，因此被免去了都督军衔，贬官二级，继续剿贼。
后来他跟从卢象升在谷城追逐贼兵。贼兵逃往均州，秦翼明在清石铺打败了他们。
贼兵进入了山地自卫，秦翼明又打败了他们。接着又在界山、三道河、花园沟连连破贼，捉住黑煞神、飞山虎两位贼军将领。
贼兵出没在郧阳、襄阳一带，巡抚郧阳的苗胙土派遣使者去招降贼寇时，秦翼明赞成此事，结果上当受骗了，贼兵最终没有投降。
秦翼明、苗胙土都受到弹劾。后来贼兵进犯襄阳，翼明连续作战获取战果，屯兵庙滩，用来扼守汉江的浅水处。
只是罗汝才、刘国能却从深水处渡了过去，接着就在蕲春、黄冈一带大肆骚扰。
崇祯皇帝于是罢了苗胙土的官，并严厉批评了秦翼明，不久秦翼明又被弹劾，解除了官职。
逆战反王
崇祯七年，张献忠攻陷川东重镇夔州，秦良玉率军赶到，张献忠不战而走。
秦良玉率军追击，与正好回川的儿子马祥麟前后夹击，打败张献忠，使之退走湖广。而后张献忠受朝廷招安。
崇祯十三年，张献忠联合罗汝才再次造反。
罗汝才率兵攻打夔州。秦良玉率军前往，罗汝才不战而走。
秦良玉追至马家寨，大破罗汝才，斩首六百级，秦良玉又率军追击，先后在留马垭、谭家坪北山、仙寺岭大破敌兵。
将其首领东山虎斩杀，活捉副塌，惠登相、王光恩投降。
并夺取了罗汝才的帅旗，罗汝才军逐渐走向衰落。
同年，杨嗣昌自请为督师入川剿贼。
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